La brutta esperienza della guerra dei Trent’anni dimostrò che la fortificazione gotica della città non era sufficiente; perciò, nel 1653 ebbe inizio la trasformazione di Praga in una fortezza barocca con la cittadella a Vyšehrad. I lavori iniziarono sulla riva destra della Moldava e terminarono nel 1730 con la fortificazione della Città Piccola e di Hradčany. Le mura di cinta barocche partivano da Vyšehrad, passavano per l’odierna via Na Slupi fino a Karlov e poi continuavano per l’attuale via Sokolská e Mezibranská, fino ad arrivare al Museo Nazionale, a Bulhar e, attraverso la stazione ferroviaria di Masaryk, fino al fiume nella zona di Těšnov. Sulla riva sinistra della Moldava, continuavano lungo il pendio di Letná fino ad arrivare a Bruska, da dove le mura Mariane (chiamate cosí per la presenza della chiesetta della Vergine Maria che si trovava vicino alla porta di Bruska) si estendevano verso nord, e continuavano poi attraverso il Ponte delle Polveri, Pohořelec e Petřín, fino ad arrivare alla Moldava. La fortificazione venne rinforzata su entrambe le rive del fiume con 20 bastioni chiamati secondo i santi patroni. I bastioni erano delle torri di difesa prismatiche che fuoriuscivano dalla fortificazione e permettevano di respingere gli assalitori dai lati. La loro base misurava circa 6 x 6 metri ed erano alte 15 – 20 metri.
Le mura, però, iniziarono ad andare in decadenza per mancanza di soldi e, quando cominciarono ad essere d’impedimento per lo sviluppo della città, l’imperatore Francesco Giuseppe I decise di farle demolire, affinché Praga venisse nominata una città aperta. I lavori di demolizione iniziarono nel 1874 tra la porta Poříčí e la via Na Florenci. Fino al 1876 era stata demolita la fortificazione della Città Nuova fino alla porta Cieca, alla fine della via Ječná. Successivamente, i lavori di demolizione continuarono a tappe in direzione di Karlov e tra le porte di Strahov e di Bruska, per terminare nel 1930 con la demolizione delle caserme in località Na Brusce. Le mura di cinta si sono conservate a Vyšehrad e, parzialmente, sulle mura Mariane e dietro il monastero di Strahov.
Facevano parte della fortificazione anche le porte che costituivano l’accesso alla città. Erano la prima cosa che si notava arrivando a Praga, poiché, oltre ad essere forti e possenti, erano molto belle e decorate. Alla maggior parte di queste porte si arrivava passando per un ponte che attraversava un fossato pieno d’acqua e che veniva alzato da funi di rafia, che poi vennero sostituite da catene di ferro. Le porte erano munite di robuste inferriate che servivano ad impedire l’accesso al nemico. Presso queste porte si potevano vendere merci di vario genere e su un lato c’erano anche le postazioni delle guardie con alabarda. Qui veniva riscosso il dazio o venivano ritirati i cosiddetti bolli (o marchi), che erano delle tavolette che il mercante acquistava alla dogana ed indicavano la merce che veniva portata in città. Fino agli anni settanta del XIX secolo, le porte di Praga venivano ancora chiuse per la notte. I ritardatari venivano fatti passare, su pagamento di una commissione, per un piccolo cancello che i praghesi chiamavano “il cancello dei maiali”. L’1/3/1838 entrò in vigore un decreto che regolava l’apertura delle porte praghesi a seconda dei periodi dell’anno. Da novembre a febbraio, le porte venivano chiuse alle 8 di sera, a marzo e ad aprile alle 9 e da maggio a ottobre alle 10. Chi voleva lasciare la città di notte doveva richiedere un permesso scritto. Durante le guerre o le epidemie di peste, le porte rimanevano chiuse. In origine, tutte le città praghesi avevano le proprie mura di cinta con le porte.